Практически на всех территориях кто-то когда-то жил, так что тут надо подходить диалектически в каждом случае, наверное, по разному.

До Ниеншанца, в этих местностях жили русские, но именно первым городом, и как оказалось предтечей СПб, стал именно он, а не предшествующие поселения.

Так что с Рыбинском тоже надо разбираться. Екатерина основала город на пустом месте или слобода так и сущестовала, просто она дала ей статус города?